Luomuinstituutille on asetettu tieteellinen neuvottelukunta vuosiksi 2017-2020. Neuvottelukuntaan on kutsuttu tutkimuspäällikkö Jyrki Aakkula, Luonnonvarakeskus, yliopistonlehtori Minna Autio, Helsingin yliopisto, professori Mikael Fogelholm, Helsingin yliopisto, erikoistutkija Kaija Hakala, Luonnonvarakeskus, professori Juha Helenius, Helsingin yliopisto, tutkimusprofessori Arto Huuskonen, Luonnonvarakeskus, tutkimuskoordinaattori Kaisa Korhonen-Kurki, Helsingin yliopisto, tutkimusprofessori Eija Pouta, Luonnonvarakeskus, tutkimusprofessori Raija Tahvonen, Luonnonvarakeskus, professori Maija Tenkanen, Helsingin yliopisto, johtaja Päivi Timonen, Helsingin yliopisto, kuluttajatutkimuskeskus, PhD Hanna Tuomisto, Helsingin yliopisto, Ruralia-instituutti, erikoistutkija Tuomo Tupasela, Luonnonvarakeskus, tutkimusprofessori Eila Turtola, Luonnonvarakeskus, tutkija Henri Vanhanen, Luonnonvarakeskus, ja professori Aila Vanhatalo, Helsingin yliopisto. Ohjausryhmän jäsenten asiantuntemus kattaa luomututkimuksen eri osa-alueet Luomuinstituutin molemmissa rahoittajayhteisöissä, Helsingin yliopistossa ja Luonnonvarakeskuksessa.