Yksinkertainen testimenetelmä on kehitetty tautia aiheuttavien Fusarium oxysporum -sienten tunnistamiseen satosipuleista

Fusarium– sienisuvun tietyt lajit, kuten Fusarium oxysporum aiheuttavat sipulinnäivetteeksi nimettyä kasvitautia. Tauti on maalevintäinen ja se tarttuu sipulien juuriin ja kantaan, josta leviää pehmentäen sipulia ja lopulta nimensä mukaisesti näivettää sen kokonaan. Tauti leviää myös sipulin tuotannossa lisäysmateriaalina käytettävien istukkaiden välityksellä. Tauti haastaa erityisesti luomusipulin tuotantoa, jossa istukkaiden kemiallinen peittaus ei ole sallittua.

Ongelmalliseksi taudin torjunnan tekee se, että alkuvaiheessa tautia ei silmämääräisesti pysty havaitsemaan istukkaasta tai sipulista. Tämän takia silmämääräisesti oireettomia sipuleita voidaan käyttää istukasmateriaalina uuden sadon tuottamiseen, jolloin on riski taudin leviämisestä viljelysmaahan. Sadonkorjuun jälkeen varastoon voi päätyä terveiltä näyttäviä satosipuleita, jotka myöhemmin pilaantuvat varastossa tai viimeistään kaupan hyllyssä, aiheuttaen ruokahävikkiä ja taloudellisia tappioita.

Kaikki F. oxysporum -kannat eivät ole tautia aiheuttavia, jolloin pelkän lajin tunnistaminen ei riitä tautiriskin arviointiin.  Tässä tutkimuksessa kehitettiin menetelmä, jonka avulla voidaan nopeasti ja kustannustehokkaasti selvittää onko tutkittavassa satosipulierässä sipulille tautia aiheuttavia F. oxysporum kantoja. Kehitetty PCR (Polymerase Chain Reaction) – testimenetelmä perustuu tietoon siitä, että sipulille patogeenisilla  F. oxysporum -kannoilla on SIX3 -geeni, joka ohjaa taudinaiheuttamiskykyyn liitetyn proteiinin tuotantoa. Kehitetty menetelmä on yksinkertainen ja riittävän herkkä rutiinitestaukseen.

 

Alkuperäinen artikkeli:

Latvala, S., Haapalainen, M., Kivijärvi, P., Suojala-Ahlfors, T., Iivonen, S. and  Hannukkala, A. 2020. Sampling and PCR method for detecting pathogenic Fusarium oxysporum. Letters in Applied Microbiology 70 (3): 210-220.

https://sfamjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/lam.13264

Teksti: Sari Iivonen